Ngày 9 tháng 5 năm 2014, cơ quan điều tra Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã khởi tố bị can, thực hiện lệnh bắt tạm giam đối với Đặng Thế Vinh (Trưởng phòng 10, Viện KSND tỉnh Bắc Giang) và Trần Nhật Luật (Thượng tá, Phó trưởng Công an huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang) để điều tra về hành vi cố tình "làm sai lệch hồ sơ vụ án", theo điều 300 BLHS, trong vụ án "Nguyễn Thanh Chấn giết người".[9]

Ngày 30 tháng 9 năm 2014, Cục Điều tra thuộc Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã tống đạt quyết định khởi tố bị can (nhưng cho tại ngoại) đối với Phạm Tuấn Chiêm (sinh năm 1949, ở huyện Gia Lâm, Hà Nội) để điều tra về hành vi "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".[10] Ông Chiêm là cựu thẩm phán Toà phúc thẩm thuộc TAND tối cao, chủ tọa phiên phúc thẩm ông Nguyễn Thanh Chấn vào ngày 27 tháng 7 năm 2004. Ông Chiêm được xác định đã sử dụng các chứng cứ được thu thập trái quy định để kết tội ông Chấn.[10]

Viện KSND tối cao, sau khi hoàn tất cáo trạng vụ án truy tố ông Vinh và ông Luật, đã ủy quyền cho Viện KSND tỉnh Bắc Giang chuyển hồ sơ vụ án sang TAND tỉnh Bắc Giang để đưa vụ án ra xét xử.[11]

Đầu tháng 4 năm 2016, TAND tỉnh Bắc Giang cho biết đang lên lịch xét xử Đặng Thế Vinh và Trần Nhật Luật với cáo buộc làm sai lệch hồ sơ gây oan sai.[12] Riêng cựu thẩm phán Phạm Tuấn Chiêm đang được tạm đình chỉ điều tra do sức khỏe yếu.[12]

Sáng 25/11/2016, TAND tỉnh Bắc Giang mở phiên tòa sơ thẩm hình sự xét xử vụ án "làm sai lệch hồ sơ vụ án" gây oan sai cho ông Nguyễn Thanh Chấn. Khoảng 8g30 phiên tòa bắt đầu. Ngay phần mở đầu phiên tòa, chủ tọa thông báo tạm hoãn phiên tòa với lý do luật sư của bị cáo Luật vắng mặt trong khi đó bị cáo Vinh cho biết sức khoẻ không đảm bảo và muốn mời luật sư bào chữa. Cũng chưa có lịch mở lại phiên tòa.[11]

Trong 3 ngày (19, 20, 23/1/2017) TAND tỉnh Bắc Giang đã tuyên phạt Trần Nhật Luật 12 tháng tù giam, Đặng Thế Vinh 8 tháng tù giam sau khi chuyển tội danh từ "làm sai lệch hồ sơ" sang "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng". Cả hai đều kháng cáo đề nghị xem xét giảm hình phạt, được hưởng án treo.[13]